Для файловых баз:
Надо через Тool_1CD.exe 0.3.0 (после конвертации базы в формат 8.2.14) удалять строчки в таблицах:
config = 'versions'
files = 'ib.pfl'
files = '071523a4-516f-4fce-ba4b-0d11ab7a1893.pfl'
params = 'locale.inf'

Для серверных:

DELETE FROM config WHERE filename = 'versions'
DELETE FROM files WHERE filename = 'ib.pfl'
DELETE FROM files WHERE filename = '071523a4-516f-4fce-ba4b-0d11ab7a1893.pfl'
DELETE FROM params WHERE filename = 'locale.inf'